卻說在余杭縣一個小漁村里有個孤兒:李逍遙。他的父母號稱武林中的神仙俠侶,可惜從他小時就音訊全無。他由嬸嬸帶大,在自家店中當個店小二。來往的英雄好漢見多了,李小哥也想做個除暴安良的正義游俠。可嘆天不隨人愿,一大早就被叫起來服侍客人。

　　伺候完三個苗人后來到大門口,一個醉道士向李逍遙要酒。于是小李從苗人不要的酒中拿了一壺給他喝。沒想到那道士是個風塵奇人,為了還杯酒之情,他竟答應在夜半三更傳授給小李劍法。解決完道士的事后,又幫嬸嬸去買鮮蝦。一路上到處閑逛,到了菜市卻發現沒有蝦可買。剛出菜市,就得知嬸嬸生了病。為了報養育之恩,李逍遙毅然踏上了去仙靈島求藥的征途(也是受了那伙苗人的騙)。
　　仙靈島的迷宮并不復雜,把六座阿修羅神像擊碎(罪過!罪過!),中央的小島上自然會出現通路。到了仙靈島(應叫落花島才合適),李逍遙演了一場“仙女羽衣”的好戲,不想名花有刺,招來一場天雷地火的懲罰,卻也贏得少女的同情,得到可以救嬸嬸的紫金丹。小李剛要離去,卻被少女靈兒的姥姥一頓不分青紅皂白地暴錘,最后被逼無奈與趙靈兒結為夫妻。這正是:仙靈島上別洞天,池中孤蓮伴月眠;一朝風雨落水面,愿君拾得惜相憐。

　　恩怨

　　一夜無話,次日,趙靈兒悄悄送李逍遙出宮去救他嬸嬸。嬸嬸吃了小李的紫金丹就復原了,但小李卻被苗人下了忘憂散而失去了在仙靈島上的一段記憶。夜半,小李猛然想起白天酒道士的話,于是從暗道溜出了客棧。白天他還和鄰居香蘭有約,于是去她家吃粥,順便幫丁伯伯請來了醫生看病。再從村西頭的籬笆缺口處出去,可以到達山神廟。月上中天,酒道士果然如約前來教了李逍遙一招“御劍術”,然后不知所終,真是一位風塵奇人。正是:揮劍笑,斬怒風;適意行,安心坐。渴時飲, 饑時餐,醉時歌;困來時就向莎茵臥。日月長,王地闊,閑快活。

　　第二天清晨李逍遙回到了客棧,自然嬸嬸對他又是一頓臭罵。昨天的那幾位苗人也神神秘秘地帶了一個大口袋回來,占用了小李的房間。嘿嘿,這下秘道派上了用場,讓我們一起探一探他們的秘密……原來口袋中正是趙靈兒,于是一場惡斗打倒了看守的苗人(可惜現在李逍遙已經不認識靈兒了)。接著,二人一起趕回仙靈島,可嘆島上已是血流成河了。靈兒的姥姥將靈兒托咐給小李,就咽下了最后一口氣。再回到客棧,又將苗人頭目暴扁一頓,出一口胸中的惡氣。入夜,靈兒可憐巴巴地來找李逍遙,卻讓嬸嬸給帶了出去。但第二天早上,嬸嬸居然同意小李和靈兒一同去苗疆一探她身世的奧秘;二人相偕踏上了開往蘇州的商船。這正是:不識情悉枉少年,檐下賜酒結仙緣;情難消受美人恩,仗劍江湖為紅顏。

　　蘇州城不愧是大地方,一下船就有人打打殺殺。一翻吵鬧后李逍遙“結識”了林月如,被她斬了一劍卻是有驚無險。進城后投宿酒店,順手救下了一位書生——劉晉生。第二天到處閑逛,卻趕上了當地首富林家比武招親。不是冤家不聚頭,林小姐正是林月如,免不了又是一場打斗。林月如口頭雖然逞強,卻又敗在小李手下。于是李逍遙又走了桃花運,被林老爺子留下來要成親。夜半,靈兒突然化為半人半蛇的怪物破墻而出。林月如不顧老爸的反對和李逍遙一起追了出去。正是:刁蠻少女貴千金,比武招親動芳心;盼能與君長相依,結伴江湖俠侶行。

　　堂堂蘇州城,外面居然有個蛇窟。打死了其中的男蛇妖和女狐精卻沒發現靈兒的蹤影。嗚嗚,難道自此竟成永別。慘、慘、慘!楚地風細,疆場沙狂。一曲寒笙未了,離恨生。

　　沿著山洞后的小路來到了白河村。意外地在村中韓醫仙家中發現了昏迷不醒的靈兒。為了救靈兒,必須找齊六種藥物,林月如和李逍遙義不容辭,分頭行動(月如找人參、雪蓮子、何首烏,小李找銀杏子、鹿茸、鯉魚)。銀杏子可從醫仙屋后的銀杏樹上摘取。抓魚必須先向村中的漁翁借一副漁具,然后在村西的碼頭上釣取鯉魚。捉鹿要先找到林中的捕獸器,然后放在鹿的必經處,可得到鹿茸。幾種藥都得到后,回到韓醫仙家與月如會合。韓醫仙會用它們救醒靈兒。現在,要為白河村解危救難了。

　　出了白河村,先向北去玉佛寺,收伏玉佛珠所化的精靈——小石頭。再向東沖入亂葬崗。里面有一座將軍墓,是一座多層的地下迷宮,打倒在最下層的赤鬼王后就可以解救白河村了。在這里可取得土靈珠。回到白河村后,發現醫仙的女兒韓夢慈被抓到了鬼陰山,于是一行人又出發去英雄救美了。在村西北的山洞中,可找到韓夢慈,可是被看守的石長老擊敗(不得不敗,石長老根本是金剛不壞體)。靈兒為了救眾人答應跟石長老走,真是離多聚少。

　　尋覓
　　下一站是揚州城。“十年一覺揚州夢,贏得青樓薄幸名。”楊州的繁華自是不一般。投宿客棧時,有梁上君子夜訪,于是一路追殺將其打敗,可是少奪回一件“紫金葫蘆”。回到追丟女飛賊的地方,可見到寡婦姬三娘。姬三娘還真是個老來俏,居然氣跑了林月如。李逍遙剛在城墻上找到月如,又發現姬三娘將一個包袱投入到井中。井里有許多寶貝,還有他們遺失的“紫金葫蘆”。正在查看的時候,一伙官差將兩人捉走。在公堂上,李逍遙被逼迫在規定的限期內找到飛賊。哼,這口惡氣如何咽得下,小李馬上返回姬三娘家。在三娘家發現一條秘道。由此下去可抓住姬三娘以證明自己的清白。

　　出了蘇州城,在山道上會發現倒斃的古董商(城中被偷的那個),從他身上取走包袱。上山后,殺死占山為王的金蟾鬼母,可以到達白苗人的客棧。在客棧,石長老為了和白苗將軍蓋羅嬌爭奪靈兒拼個你死我活,靈兒卻被路過的劍圣帶走。

　　向前去就是萬城之王的京城。在京城的尚書府可找到劉晉元。他正在生病,由新婚的美麗妻子彩依照應。閑來無事,可以在京城四處逛逛。在城的東南角,沿石欄走可到一處院落,能買到多種暗器。酒店門口有乞丐向你哭訴妻子的不良,但去怡紅院一了解卻發現滿不是那么回事。將路上得到的包袱交給商人的妻子可學會葫蘆咒 (難道紫金葫蘆是軒轅劍中的煉妖壺?)。林月如的父親林天南為尋找女兒也來到劉家,卻無奈李逍遙,只有負氣離去。這時卻發現彩依行為詭異。小李為劉夫人請來道士驅魔,卻惹出更大的妖氣。小李他們出府找幫手,正撞上不醒常醉酒劍仙。他得知詳情后開壇除妖,卻又突然醉倒不醒。李逍遙和林月如自行到府后樹林中探查,發現元兇是一個蜘蛛精,而蝶仙彩依為報救命之恩,以自己千年道行換來劉晉元十年性命。唉!問世間,情是何物,直教生死相許。天南地北雙飛客,老翅幾回寒暑?歡樂趣,離別苦,就中更有癡兒女。君應有語,渺萬里層云,千山暮雪,只影向誰去。

　　酒劍仙酒醉原來是元神出竅,正好趕來一劍斬了蜘蛛精,得到雷靈珠。他施展“飛仙術”帶眾人來到了蜀山。在這里見到劍圣,他卻誤認靈兒是妖魔(是妖卻不是魔),將她關入鎖妖塔中。原指望“仙人撫我頂,結發受長生”,李逍遙卻為了這一段人妖之戀,甘冒奇險入塔救人。酒劍仙無奈之下,送了雷靈珠給小李,并傳了他幾招絕世武功。上得鎖妖塔,從上向下一直打到塔底,將守塔的鎮獄明王擊敗(他可是神啊!);救下靈兒,小李也在此時恢復了失去的那段記憶。在鎖靈兒的劍柱不遠處可發現一個漩渦,跳下去,將支撐塔的七根劍柱毀去,就可以出塔了。

　　死別

　　在劍柱被毀時鎖妖塔也倒塌了。月如為了救小李和靈兒被碎磚壓死,李逍遙和靈兒卻讓懊悔的劍圣救到云南大理城外白苗圣姑隱居處。圣姑發現靈兒已有身孕,要小李去找鳳凰蛋和麒麟角為靈兒安胎。在房子的右邊采兩支香蕉送給神木上的猴兒,可以上到樹頂。那金翅鳳凰很好修理,打敗它可以得到風靈珠。好不容易要得到蛋了,卻被半路上殺出來的苗女阿奴奪走。為了得到鳳凰蛋,只有同她一起去尋寶。可惜寶雖有不少,卻沒有她想要的水靈珠。在神木樹旁還有一片桃林,使用風靈珠可以進入一探其奧秘。回到圣姑居處后才知道阿奴是白苗頭領的女兒,又和她一起去大理城取麒麟角。正是:如花苗女鬼精靈,喜逢君子初嘗情;落花有意結連理, 伴月愿做一顆星。

　　進了大理城,到麒麟洞口,騙走守衛可以入洞。洞中的火麒麟倒是個和善的老人,不但給了他的角還有火靈珠。出洞后來到城中的神殿祭拜,卻被吸入了巫后(靈兒的母親)神像中,回到了十年前的過去。十年前,南紹黑苗王在拜月教主的威逼下要殺巫后娘娘。李逍遙通過石長老取回了娘娘的天蛇杖,救娘娘出困。但拜月教主卻放出不死的水魔獸追殺,逼得娘娘和它同歸于盡。
　　李逍遙萬幸脫困,卻被金翅鳳凰送回故鄉余杭縣。在余杭縣救了少時的靈兒和她姥姥,也見到了當年的水月宮主。水月宮主告訴李逍遙要想回到現世中,必須滿足自己的心愿才行。在山神廟西面可以見到少時的自己,用一把木劍換得了爸媽交給小李的水靈珠。于是,一陣天旋地轉,李逍遙又回到了現實。

　　煞尾
　　回到神殿后,和阿奴一起到圣姑家中,剛好趕上靈兒臨產,得神藥之助順利地生下一個女嬰。圣姑又讓小李去試煉窟為她捉36只傀儡蟲。在試煉窟不用仔細走遍,捉夠蟲子回來即可。數日后,靈兒身體恢復,與李逍遙一同出發,這時可以再去試煉洞。在洞的最下層可以找到女媧神的遺跡,學會土、水、風、火、雷五種神術。這時大理城外黑、白兩族由于久旱無雨正為水源而大打出手。三人進入大理城的神殿,巫后娘娘會顯靈將自己的衣缽傳給靈兒。來到神殿后的神壇,將剛得到的圣靈珠放入石碑中,再將五個神珠放入凸起的祭臺中,靈兒就可以施法求雨了。
　　 
　　久旱逢甘雨,兩族的爭斗都停了下來。正當歡慶之時,拜月教主又派地魔獸來搗亂,于是一行人追殺入地道,一直來到了黑苗族的宮殿。在這里,李逍遙等人與拜月教主展開了一場世紀之戰。最后拜月教主不敵眾人與水魔獸合體,而靈兒飛上天際與其同歸于盡。